وصل جثمان البابا شنودة الثالث بابا الإسكندرية وبطريرك الكرازة المرقسية إلى وادي النطرون حيث يوارى الثرى، وذلك بعد انتهاء مراسم القداس الجنائزي قد أقيمت قبل ظهر الثلاثاء في مقر الكاتدرائية المرقسية بالعباسية بالقاهرة وسط حضور رسمي ودولي.
وقد توافد الآلاف من أنحاء المحافظات المصرية لحضور مراسم التشييع التي حضرها أعضاء من المجلس العسكري الحاكم في مصر والسفيرة الأمريكية آن باترسون وسفير الفاتيكان مايكل غيرالد، ومجموعة من المرشحين المحتملين للرئاسة إضافة إلى رئيس مجلس الشعب سعد الكتاتني.
وبدأت المراسم بقداس ترأسه رئيس الكنيسة القبطية الأثيوبية البطريرك ابون بولس الذي جاء من أديس أبابا. وكان النعش مفتوحا وقد سجي بداخله جثمان البابا شنودة بملابسه الدينية والتاج الذهبي وأحاط به العديد من القساوسة الأقباط بزيهم الأسود.
وبعد انتهاء القداس تم نقل النعش إلى مطار ألماظة العسكري بشرق القاهرة حيث قامت طائرة عسكرية بنقلة إلى دير الأنبا بيشوي بوادي النطرون حيث سيتم الدفن عملا بوصية البابا شنودة الثالث نفسه.
وفور وصول جثمانه إلى وادي النطرون، يحمل الأساقفة جثمانه واستقباله بالحان جنائزية حزينة، ويطوفوا بالجثمان داخل الكنيسة قبل وضعه في مقبرة مخصصة لها بملابسه الكهنوتية.
ويعتبر الدير المكان المفضل للبابا حيث فيه تم اختياره بابا الكنيسة كما كان مقر للإقامة الجبرية أثناء خلافه مع الرئيس المصري الأسبق أنور السادات.
وتثور تساؤلات حول شخصية البابا القادم والمتوقع انتخابه خلال الشهور القادمة. وصرح المفكر القبطي كمال زاخر إنه "من الصعب توقع هذا في ظل النظام الحالي لاختيار البابا لأنه يبقى طي الكتمان وتكون إجراءات الاختيار محكمة ولا تسمح لأحد في توجيها وبالتالي يبقى الأمر بعيدا عن الضغوط لأنه ليس اختيارا مباشرا ولكن إجراءات انتخابية".
وحتى اختيار بابا جديد، تولى الأنبا باخوميوس أسقف البحيرة موقع القائم مقام البابا إلى حين انتخاب بابا جديد. ويعد الأنبا باخوميوس الثاني في ترتيب أقدمية الترسيم بعد الأنبا ميخائيل أسقف أسيوط الذي اعتذر عن تولى الموقع لأسباب صحية.
وسيقوم مجلس من 1500 شخص، مكون من أعضاء المجمع المقدس والمجلس الملي إضافة إلى شخصيات عامة من بينهم الوزراء والنواب السابقون والحاليون وصحفيون، بالاقتراع على المرشحين لمنصب البابا ثم تجرى "قرعة هيكلية" بين المرشحين الثلاثة الحاصلين على أعلى الأصوات لاختيار البابا.